Penyusunan kembali



Dalam laporan patologi molekuler, kata penyusunan kembali mengacu pada perubahan struktur DNA dalam sel. DNA biasanya tersusun menjadi untaian panjang yang disebut kromosom, yang masing-masing mengandung banyak gen. Penataan ulang terjadi ketika sepotong kromosom terlepas dan menempel di tempat lain, baik pada kromosom yang sama atau kromosom lain. Perubahan ini dapat memengaruhi cara kerja gen dan terkadang berkontribusi pada perkembangan kanker.

Mengapa penataan ulang terjadi?

Penataan ulang dapat terjadi karena berbagai alasan. Beberapa terjadi secara kebetulan ketika sel melakukan kesalahan saat menyalin DNA-nya. Faktor lingkungan, seperti paparan radiasi atau bahan kimia berbahaya, menyebabkan yang lain. Terkadang, orang mungkin mewarisi kecenderungan genetik yang membuat sel mereka lebih rentan terhadap penataan ulang. Namun, sebagian besar penataan ulang yang terjadi pada kanker tidak diwariskan tetapi berkembang seiring waktu dalam sel-sel tertentu, yang dikenal sebagai penataan ulang somatik.

Apa yang terjadi pada sel setelah penataan ulang terjadi?

Ketika penataan ulang terjadi, hal itu dapat mengubah cara kerja gen tertentu. Terkadang, hal ini menyebabkan gen menjadi lebih aktif daripada seharusnya, sementara di waktu lain, hal itu dapat membungkam gen yang diperlukan untuk mengendalikan sel. Jika penataan ulang melibatkan gen yang mengendalikan pertumbuhan sel, sel yang terpengaruh dapat membelah tak terkendali, yang pada akhirnya menyebabkan tumor. Namun, tidak semua penataan ulang menyebabkan kerusakan; beberapa tidak memengaruhi sel.

Bagaimana penataan ulang menyebabkan kanker?

Penataan ulang dapat menyatukan dua gen yang berbeda, sehingga menciptakan gen fusiGen fusi dapat menghasilkan protein abnormal yang mendorong pertumbuhan sel yang tidak terkendali. Dalam kasus lain, penataan ulang dapat mengganggu gen penekan tumor yang biasanya mengendalikan pembelahan sel. Tanpa kendali ini, sel dapat berkembang biak tanpa terkendali, membentuk tumor.

Apakah penataan ulang selalu menyebabkan kanker?

Tidak semua penataan ulang menyebabkan kanker. Banyak terjadi tanpa berdampak pada fungsi sel. Hal ini terkadang disebut sebagai penataan ulang penumpang karena mereka hadir tetapi tidak mempengaruhi pertumbuhan tumor. Penataan ulang dapat berkontribusi terhadap kanker hanya jika melibatkan gen-gen tertentu yang mengendalikan bagaimana sel tumbuh dan membelah. Bahkan saat itu, penataan ulang tersebut perlu memengaruhi sel dengan cara yang membantunya tumbuh tak terkendali.

Bagaimana ahli patologi menguji penataan ulang?

Ahli patologi menggunakan beberapa teknik untuk mendeteksi penataan ulang pada sel tumor:

  • Hibridisasi fluoresensi in situ (FISH): Tes ini menggunakan probe fluoresensi untuk mendeteksi perubahan DNA tertentu. membantu mengidentifikasi penataan ulang yang lebih besar atau fusi peristiwa yang melibatkan gen yang diketahui.
  • Reaksi Rantai Polimerase (PCR): PCR memperbanyak segmen kecil DNA untuk mendeteksi penataan ulang spesifik yang diketahui, seperti yang melibatkan gen fusi.
  • Pengurutan Generasi Berikutnya (NGS): NGS memungkinkan ahli patologi untuk mengurutkan wilayah DNA yang besar untuk menemukan berbagai macam penataan ulang, termasuk yang sulit dideteksi dengan metode lain.
  • Kariotipe: Tes ini memeriksa struktur kromosom di bawah mikroskop untuk mengidentifikasi penataan ulang skala besar. Tes ini sering digunakan untuk mempelajari kanker darah, seperti leukemia.

Hasil pengujian ini akan menunjukkan apakah ditemukan adanya penataan ulang dan apakah penataan ulang tersebut kemungkinan akan memengaruhi perawatan.

Berikut adalah contoh bagaimana hasil penataan ulang mungkin muncul dalam laporan patologi molekuler:

Uji: Hibridisasi Fluoresensi In Situ (FISH)
Hasil: Positif untuk ALK-EML4 fusi

Interpretasi: Kehadiran sebuah ALK-EML4 fusi terdeteksi pada sel tumor. Penataan ulang ini umumnya terlihat pada kanker paru-paru bukan sel kecil (NSCLC) dan menunjukkan bahwa tumor dapat merespons dengan baik terhadap penghambat ALK, seperti crizotinib atau alectinib.

Dalam contoh ini, laporan tersebut mengonfirmasi bahwa sel kanker pasien mengandung ALK-EML4 fusi, berarti bagian dari ALK gen pada kromosom 2 telah menyatu dengan EML4 gen. Penggabungan ini menciptakan protein abnormal yang mendorong pertumbuhan kanker. Hasil positif menunjukkan bahwa terapi tertarget—obat yang secara khusus dirancang untuk memblokir protein ALK abnormal—kemungkinan besar efektif dalam mengobati tumor.

Apa saja penataan ulang gen yang paling umum dan kanker terkaitnya?

Berikut ini adalah daftar penataan ulang gen yang umum dan kanker yang sering mengalaminya:

  • BCR-ABL1: Leukemia myeloid kronik dan leukemia limfoblastik akut
  • ETV6-RUNX1: Leukemia limfoblastik akut
  • PML-RARA: Leukemia promielositik akut
  • ALK-EML4: Kanker paru-paru bukan sel kecil
  • TMPRSS2-ERG: Kanker prostat
  • EWSR1-FLI1: Sarkoma Ewing
  • CCND1-IGH: Limfoma sel mantel
  • BCL2-IGH: Limfoma folikular
  • BCL6-IGH: Limfoma sel B besar yang menyebar
  • NPM1-ALK: Limfoma sel besar anaplastik
  • MYC-IGH: Limfoma Burkitt
  • SS18-SSX1: Sarkoma sinovial
  • RET-PTC: Kanker tiroid
  • ROS1-CD74: Kanker paru-paru bukan sel kecil
  • CBFB-MYH11: Leukemia mieloid akut
  • RUNX1-RUNX1T1: Leukemia mieloid akut
  • MLL-AF9: Leukemia mieloid akut
  • EWSR1-ATF1: Sarkoma sel bersih
  • TFE3-ASPSCR1: Sarkoma bagian lunak alveolar
  • FGFR3-TACC3: Kanker kandung kemih
  • NTRK1-TPM3: Kanker tiroid
  • NTRK3-ETV6: Karsinoma payudara sekretori
  • KMT2A-ELL: Leukemia mieloid akut
  • FGFR1-ZMYM2: Neoplasma myeloid/limfoid
  • PDGFRA-FIP1L1: Tumor stroma gastrointestinal (GIST)
  • TBL1XR1-PLAG1: Karsinoma kelenjar ludah
  • PRKAR1A-RET: Kanker tiroid
  • BRAF-KIAA1549: Astrositoma pilositik
  • EWSR1-WT1: Tumor sel bulat kecil desmoplastik
  • FOXO1-PAX3: Rhabdomyosarcoma alveolar
  • FGFR2-BICC1: Kolangiokarsinoma
  • CDK4-MDM2: Liposarkoma
  • NUP98-HOXA9: Leukemia mieloid akut
  • ETV1-ELK4: Kanker prostat
  • TCF3-HLF: Leukemia limfoblastik akut
  • ZRSR2-MLL: Leukemia mieloid akut
  • PAX8-PPARγ: Kanker tiroid
  • BCOR-CCNB3: Sarkoma
  • CIC-DUX4: Sarkoma mirip Ewing
  • ERBB2-MLL: Kanker payudara

Setiap penataan ulang memainkan peran penting dalam kanker tempat mereka ditemukan. Mengidentifikasi mereka akan memastikan diagnosis dan membantu dokter memilih terapi yang dirancang khusus untuk menargetkan perubahan genetik ini.

A+ A A-