Dalam laporan patologi molekuler, kata penyusunan kembali mengacu pada perubahan struktur DNA dalam sel. DNA biasanya tersusun menjadi untaian panjang yang disebut kromosom, yang masing-masing mengandung banyak gen. Penataan ulang terjadi ketika sepotong kromosom terlepas dan menempel di tempat lain, baik pada kromosom yang sama atau kromosom lain. Perubahan ini dapat memengaruhi cara kerja gen dan terkadang berkontribusi pada perkembangan kanker.
Penataan ulang dapat terjadi karena berbagai alasan. Beberapa terjadi secara kebetulan ketika sel melakukan kesalahan saat menyalin DNA-nya. Faktor lingkungan, seperti paparan radiasi atau bahan kimia berbahaya, menyebabkan yang lain. Terkadang, orang mungkin mewarisi kecenderungan genetik yang membuat sel mereka lebih rentan terhadap penataan ulang. Namun, sebagian besar penataan ulang yang terjadi pada kanker tidak diwariskan tetapi berkembang seiring waktu dalam sel-sel tertentu, yang dikenal sebagai penataan ulang somatik.
Ketika penataan ulang terjadi, hal itu dapat mengubah cara kerja gen tertentu. Terkadang, hal ini menyebabkan gen menjadi lebih aktif daripada seharusnya, sementara di waktu lain, hal itu dapat membungkam gen yang diperlukan untuk mengendalikan sel. Jika penataan ulang melibatkan gen yang mengendalikan pertumbuhan sel, sel yang terpengaruh dapat membelah tak terkendali, yang pada akhirnya menyebabkan tumor. Namun, tidak semua penataan ulang menyebabkan kerusakan; beberapa tidak memengaruhi sel.
Penataan ulang dapat menyatukan dua gen yang berbeda, sehingga menciptakan gen fusiGen fusi dapat menghasilkan protein abnormal yang mendorong pertumbuhan sel yang tidak terkendali. Dalam kasus lain, penataan ulang dapat mengganggu gen penekan tumor yang biasanya mengendalikan pembelahan sel. Tanpa kendali ini, sel dapat berkembang biak tanpa terkendali, membentuk tumor.
Tidak semua penataan ulang menyebabkan kanker. Banyak terjadi tanpa berdampak pada fungsi sel. Hal ini terkadang disebut sebagai penataan ulang penumpang karena mereka hadir tetapi tidak mempengaruhi pertumbuhan tumor. Penataan ulang dapat berkontribusi terhadap kanker hanya jika melibatkan gen-gen tertentu yang mengendalikan bagaimana sel tumbuh dan membelah. Bahkan saat itu, penataan ulang tersebut perlu memengaruhi sel dengan cara yang membantunya tumbuh tak terkendali.
Ahli patologi menggunakan beberapa teknik untuk mendeteksi penataan ulang pada sel tumor:
Hasil pengujian ini akan menunjukkan apakah ditemukan adanya penataan ulang dan apakah penataan ulang tersebut kemungkinan akan memengaruhi perawatan.
Uji: Hibridisasi Fluoresensi In Situ (FISH)
Hasil: Positif untuk ALK-EML4 fusi
Interpretasi: Kehadiran sebuah ALK-EML4 fusi terdeteksi pada sel tumor. Penataan ulang ini umumnya terlihat pada kanker paru-paru bukan sel kecil (NSCLC) dan menunjukkan bahwa tumor dapat merespons dengan baik terhadap penghambat ALK, seperti crizotinib atau alectinib.
Dalam contoh ini, laporan tersebut mengonfirmasi bahwa sel kanker pasien mengandung ALK-EML4 fusi, berarti bagian dari ALK gen pada kromosom 2 telah menyatu dengan EML4 gen. Penggabungan ini menciptakan protein abnormal yang mendorong pertumbuhan kanker. Hasil positif menunjukkan bahwa terapi tertarget—obat yang secara khusus dirancang untuk memblokir protein ALK abnormal—kemungkinan besar efektif dalam mengobati tumor.
Berikut ini adalah daftar penataan ulang gen yang umum dan kanker yang sering mengalaminya:
Setiap penataan ulang memainkan peran penting dalam kanker tempat mereka ditemukan. Mengidentifikasi mereka akan memastikan diagnosis dan membantu dokter memilih terapi yang dirancang khusus untuk menargetkan perubahan genetik ini.