AE1/AE3は、病理医が腫瘍の起源を特定するために用いる検査法です。この検査は、全身の臓器や腺の表面を覆う上皮細胞内に存在する構造タンパク質であるサイトケラチンと呼ばれるタンパク質を検出することで機能します。AE1 /AE3は単一のタンパク質ではなく、AE1とAE3という2つの抗体の組み合わせであり、これらが協力して幅広い種類のサイトケラチンを検出します。上皮細胞から発生するほとんどのがん（癌腫）はサイトケラチンを発現し続けるため、AE1/AE3検査で陽性となった場合は、腫瘍が上皮由来である可能性が高いことを強く示唆します。
AE1/AE3は、病理医が腫瘍を構成する細胞の種類を特定する必要がある場合に、免疫組織化学（IHC）と呼ばれる一連の特殊検査の一部として実施されます。この検査は、次のような場合に特に重要となります。
AE1/AE3は、腫瘍浸潤（がん細胞が周囲の組織にどれだけ深く侵入しているか）の評価や、腫瘍芽形成の特定にも使用されます。腫瘍芽形成とは、主腫瘍から分離した小さながん細胞の塊のことで、転移リスクの上昇と関連している可能性があります。
病理医は免疫組織化学を用いてAE1/AE3の検査を行います。この手法では、サイトケラチンに結合するように設計された抗体を、スライドガラス上の腫瘍組織の薄切片に塗布します。サイトケラチンが存在する場合、抗体が結合して顕微鏡下で観察できる色の変化を引き起こします。この色は、核を取り囲む細胞本体である細胞質に現れます。周囲の正常組織は内部対照として機能し、検査が期待どおりに機能したことを確認します。
AE1/AE3の結果は、陽性または陰性として報告されます。
AE1/AE3は幅広い種類の上皮細胞を染色するため、陽性結果だけでは発生臓器や癌の正確な種類を特定することはできません。常に同じパネル内の他のマーカーと併せて解釈することで、全体像を把握する必要があります。
病理検査報告書にAE1/AE3という結果が記載されている場合、病理医が腫瘍の性質を確認するために追加検査を実施したことを意味します。陽性結果は、腫瘍が上皮由来の癌である癌腫であるという結論を裏付けます。陰性結果は、リンパ腫や肉腫など、別の種類の腫瘍を示唆する可能性があり、通常はさらなる検査が行われます。
いずれの場合も、AE1/AE3は診断パズルのピースの一つに過ぎません。病理医は、AE1/AE3の結果を他の染色結果や組織全体の所見と合わせて、最終的な診断を下します。