Sequenciamento de próxima geração (NGS)

O sequenciamento de próxima geração (NGS) é uma forma de descobrir a ordem das letras no DNA ou RNA, o material genético dentro de nossas células. DNA e RNA são compostos de quatro letras diferentes: A, C, G e T para DNA, e A, C, G e U para RNA. A ordem dessas letras determina quais características uma pessoa possui, como cor dos olhos, tipo sanguíneo ou risco de doença.

O NGS funciona dividindo o DNA ou RNA em vários pedaços pequenos e lendo as letras em cada pedaço. Em seguida, ele usa um computador para juntar as peças e compará-las com uma sequência de referência. Dessa forma, ele pode descobrir o que há de diferente no DNA ou RNA de uma determinada amostra.

NGS é usado em patologia para ajudar a diagnosticar e tratar doenças causadas por alterações no DNA ou RNA. Por exemplo, alguns cancros são causados ​​por mutações (pequenas alterações) ou rearranjos (grandes alterações) no ADN de certos genes que fazem com que as células cresçam descontroladamente. Depois de examinar uma amostra de tecido ao microscópio, um patologista pode realizar NGS para restringir ou confirmar o diagnóstico. O NGS é frequentemente combinado com outros tipos de testes, como imuno-histoquímica (IHC), hibridização in situ de fluorescência (FISH)ou citometria de fluxo.

A NGS também pode ser usada para selecionar medicamentos que possam atingir as alterações identificadas no tumor. Isso é frequentemente descrito como medicina de precisão porque ajuda a fornecer o tratamento certo ao paciente certo, no momento certo. A NGS também pode ajudar a descobrir como uma pessoa responde aos medicamentos com base no seu ADN ou ARN. Por exemplo, algumas pessoas têm variações no seu ADN que as fazem metabolizar medicamentos mais rapidamente ou mais lentamente do que outras. Isso pode afetar o desempenho dos medicamentos ou a probabilidade de causarem efeitos colaterais. A NGS pode ajudar a identificar essas variações e ajustar a dose ou o tipo de medicamento de acordo. Isso é chamado de farmacogenética ou farmacogenômica porque ajuda a personalizar a terapia medicamentosa com base na composição genética da pessoa.

Quais são algumas das alterações genéticas mais comuns testadas pelo sequenciamento de próxima geração?

O NGS pode ser usado para procurar milhares de alterações genéticas. No entanto, actualmente, apenas um pequeno número de genes é comumente avaliado.

As alterações genéticas comumente avaliadas pelo NGS incluem:

• EGFR, KRAS, BRAF e PIK3CA: são genes que estão envolvidos no crescimento e divisão celular e podem sofrer mutação ou alterações em alguns tipos de câncer. Os testes para esses genes podem ajudar a diagnosticar o tipo e o estágio do câncer, bem como orientar a escolha do tratamento. Por exemplo, alguns medicamentos podem ter como alvo cancros que apresentam mutações no EGFR ou no BRAF1.
• NTRK, ROS1 e ALK: São genes que codificam proteínas chamadas receptores de tirosina quinase, que também estão envolvidas no crescimento e divisão celular. Alguns tipos de câncer apresentam rearranjos ou fusões desses genes com outros genes, o que pode fazer com que as células cresçam descontroladamente. Os testes para estes genes podem ajudar a identificar cancros que podem ser tratados com medicamentos que bloqueiam a actividade destes receptores.
• CFTR, PAH, GALT e HBB: são genes associados a doenças hereditárias que afetam diferentes órgãos ou sistemas do corpo. Os testes para detectar esses genes podem ajudar a diagnosticar ou rastrear esses distúrbios, bem como fornecer informações sobre o risco de transmiti-los às crianças. Por exemplo, CFTR é o gene que causa a fibrose cística, uma doença que afeta os pulmões e o sistema digestivo; PAH é o gene que causa a fenilcetonúria, uma doença que afeta o metabolismo de um aminoácido chamado fenilalanina; GALT é o gene que causa a galactosemia, doença que afeta o metabolismo de um açúcar chamado galactose; e HBB é o gene que causa a anemia falciforme, uma doença que afeta a forma e a função dos glóbulos vermelhos.
• BRCA1 e BRCA2: São genes envolvidos no reparo do DNA e na proteção contra danos. Mutações ou alterações nesses genes podem aumentar o risco de desenvolver câncer de mama, ovário, próstata ou pâncreas. Os testes para estes genes podem ajudar a identificar pessoas com maior probabilidade de desenvolver estes cancros, bem como fornecer opções de prevenção ou detecção precoce.
• EWSR1, FUS e SS18: São genes que codificam proteínas chamadas fatores de transcrição, que estão envolvidas na regulação da expressão gênica. Alguns sarcomas apresentam fusões ou rearranjos desses genes com outros genes, o que pode afetar a diferenciação e o desenvolvimento das células. Os testes para esses genes podem ajudar a classificar o tipo e subtipo de sarcoma.
• PDGFRA, PDGFRB e KIT: São genes que codificam proteínas chamadas receptores de fatores de crescimento derivados de plaquetas, que também estão envolvidos no crescimento e divisão celular. Alguns sarcomas têm mutações ou amplificações desses genes, o que pode tornar as células mais responsivas aos sinais de crescimento. Os testes para esses genes podem ajudar a identificar sarcomas que podem ser tratados com medicamentos que inibem esses receptores.