MLH1启动子甲基化是一种影响MLH1基因开启和关闭方式的改变。MLH1基因负责编码一种修复DNA错误的蛋白质。当该基因的启动子区域（即“开关”）发生异常甲基化时，MLH1基因就会被关闭。结果，MLH1蛋白无法合成，导致细胞内DNA错误不断积累。
这一过程被称为表观遗传改变，因为它在不改变DNA序列本身的情况下影响基因的功能。MLH1功能丧失可能导致错配修复缺陷，这常常导致微卫星不稳定性（MSI），这是结直肠癌和子宫内膜癌中常见的特征。
当肿瘤在免疫组化检测中显示MLH1蛋白缺失时，MLH1启动子甲基化检测是重要的一步。该检测有助于医生判断癌症是由散发性（非遗传性）改变引起的，还是可能与林奇综合征等遗传性疾病有关。
在散发性癌症中，MLH1启动子甲基化通常是导致MLH1缺失的原因。约10%-20%的结直肠癌和高达30%的子宫内膜癌存在这种情况。
林奇综合征是由DNA修复基因的遗传突变引起的，MLH1启动子甲基化虽然不常见，但有时会与遗传突变同时发生。在这种情况下，它可能起到“二次打击”的作用，使该基因沉默。
了解是否存在 MLH1 启动子甲基化有助于指导患者是否应该接受林奇综合征的基因检测。
病理学家可以使用多种实验室方法检测 MLH1 启动子甲基化。这些检测方法旨在寻找 MLH1 基因启动子区域上称为甲基的化学“标签”。常用方法包括：
甲基化特异性PCR（聚合酶链式反应）：检测MLH1启动子特定部分的甲基。
焦磷酸测序：测量关键DNA位点的甲基化百分比。
基于芯片的检测：使用高通量方法检测基因组中的许多位点，包括 MLH1。
结果通常报告为阳性（高甲基化）或阴性（非甲基化）。阳性结果表示 MLH1 基因因甲基化而被关闭。
如果肿瘤显示 MLH1 甲基化，则通常被认为是散发性的，与遗传性林奇综合征无关。
如果肿瘤没有显示甲基化但仍有 MLH1 缺失，通常建议进行林奇综合征的基因检测。
罕见的是，携带遗传性MLH1突变的人群中也会出现甲基化。在这种情况下，甲基化可能成为导致癌症发展的“二次打击”。
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