Rédacteur de section : Rodney E. Rohde, PhD
Le 3 juin 2026
Une coproculture est un examen de laboratoire qui recherche des bactéries pathogènes dans un échantillon de selles (aussi appelées matières fécales). Elle est le plus souvent utilisée pour déterminer la cause d'une diarrhée sévère et persistante, accompagnée de sang. L'intestin abrite normalement une multitude de bactéries inoffensives ; la coproculture est donc conçue pour rechercher spécifiquement les quelques types de bactéries connues pour provoquer des maladies. Une bactérie est un micro-organisme, un être vivant invisible à l'œil nu.
Cet article explique ce que recherche une culture de selles, la signification des termes employés dans votre rapport et en quoi elle diffère des autres analyses de selles, afin que vous puissiez mieux comprendre un rapport que vous avez reçu.
Qu’est-ce qu’une culture de selles, et pourquoi la pratique-t-on ?
Une infection du tube digestif, également appelée gastro-entérite, est une cause fréquente de diarrhée, de crampes et parfois de fièvre. Nombre de ces infections sont d'origine virale et guérissent spontanément ; une coproculture n'est donc généralement pas nécessaire en cas de diarrhée.
Une coproculture n'est généralement prescrite que dans des situations spécifiques, comme une diarrhée sévère et sanglante durant plus de quelques jours, une diarrhée accompagnée d'une forte fièvre, un voyage récent, un système immunitaire affaibli ou en cas de suspicion d'épidémie. Dans ces situations, l'identification de la bactérie responsable permet d'orienter le traitement et les mesures de santé publique qui pourraient s'avérer nécessaires.
Ce que recherche une culture du tabouret
Comme l'intestin est rempli de bactéries normales et inoffensives (appelées flore commensale), le laboratoire ne signale pas toutes les bactéries qu'il trouve. Il recherche plutôt un groupe standard de bactéries pathogènes, le plus souvent :
- Salmonelle — Une cause fréquente de diarrhée, souvent liée à des aliments contaminés.
- Shigella — Une cause de diarrhée pouvant contenir du sang.
- Campylobacter — L'une des causes bactériennes les plus fréquentes de diarrhée.
- Certains types d'E. coli — En particulier un groupe qui produit une toxine et peut provoquer des diarrhées sanglantes, parfois mentionné dans les rapports sous les abréviations STEC ou E. coli O157.
Certaines autres bactéries ne font pas partie de cette recherche standard et ne sont recherchées que sur demande expresse ou en cas de suspicion, par exemple après un voyage dans certaines régions.
Tests moléculaires sur les selles (panels PCR)
De nombreux laboratoires utilisent désormais des tests moléculaires, qui recherchent simultanément le matériel génétique de nombreux germes, notamment des bactéries, des virus et des parasites, à partir d'un seul échantillon. Ces tests sont expliqués dans l'article consacré aux tests PCR, antigéniques et sérologiques . Rapides et très sensibles, ils permettent d'identifier des causes qu'une culture traditionnelle pourrait ne pas détecter. La culture traditionnelle reste néanmoins utile, car elle permet de cultiver les bactéries, qui peuvent ensuite être testées pour leur sensibilité aux antibiotiques si un traitement est nécessaire.
Autres tests de selles qui ne sont pas une culture
Il est facile de supposer qu'une coproculture permet de tout détecter, mais deux tests de selles courants sont généralement effectués séparément :
- Test de dépistage de Clostridioides difficile (C. diff) — Un test distinct, qui recherche une bactérie spécifique et la toxine qu'elle produit, est généralement envisagé après une prise récente d'antibiotiques. Il est expliqué dans l'article sur Tests de dépistage de C. difficile.
- Œufs et parasites (O&P) — Un test distinct consiste à examiner les selles au microscope afin de détecter la présence de parasites et de leurs œufs. Ce test est expliqué dans l'article sur Tests OVA et parasitaires.
Si vos symptômes évoquent l'une de ces affections, votre médecin pourra prescrire le test correspondant, en plus ou à la place d'une culture de selles.
Comment interpréter vos résultats
Le libellé de votre rapport dépendra des résultats obtenus et du test utilisé.
- Aucun pathogène isolé, ou flore normale — Aucune bactérie pathogène du groupe témoin n'a été détectée, et seules les bactéries intestinales normales se sont développées. Il s'agit d'un résultat courant et rassurant.
- Une bactérie identifiée isolée — Une bactérie pathogène spécifique s'est développée, telle que Salmonella, Shigella ou Campylobacter, identifiant ainsi la cause de l'infection.
- Test moléculaire : détecté ou non détecté — Le matériel génétique d'un ou plusieurs germes spécifiques a été, ou n'a pas été, trouvé.
L'absence de croissance bactérienne ne permet pas d'exclure totalement une infection. De nombreux cas de diarrhée sont d'origine virale, indétectable par les coprocultures, et certaines infections guérissent spontanément avant l'analyse de l'échantillon.
Les antibiotiques et leurs conséquences
L'analyse des selles décrit les résultats et éclaire les décisions que vous et votre équipe soignante prendrez ensemble, au lieu de les dicter unilatéralement.
La plupart des diarrhées infectieuses guérissent spontanément et le traitement le plus important consiste à bien s'hydrater ; les antibiotiques ne sont généralement pas nécessaires. Lorsqu'une bactérie spécifique est identifiée, votre médecin détermine si un traitement antibiotique est approprié, en ayant parfois recours à un antibiogramme pour choisir l'antibiotique le plus efficace, comme expliqué dans l'article sur les cultures et les tests de sensibilité . Pour certaines infections, notamment celles à Escherichia coli productrices de toxines, les antibiotiques sont généralement évités car ils peuvent augmenter le risque de complications graves. Plusieurs de ces infections doivent être déclarées aux autorités de santé publique, qui les surveillent afin de détecter et d'endiguer les épidémies. Vous pourriez donc être contacté(e) dans ce cadre.
Questions à poser à votre médecin
- L’analyse de mes selles a-t-elle permis d’identifier une bactérie spécifique, et laquelle ?
- Un résultat indiquant une « flore normale » ou « absence d'agent pathogène » signifie-t-il que je n'ai pas d'infection ?
- Ma diarrhée pourrait-elle être causée par un virus ou par quelque chose que la coproculture ne détecte pas ?
- Devrais-je également subir un test de dépistage de C. difficile ou de parasites ?
- Ai-je besoin d'antibiotiques, ou cela va-t-il guérir tout seul ?
- Existe-t-il des infections pour lesquelles il faut éviter les antibiotiques ?
- Comment puis-je éviter de transmettre cela aux autres membres de ma famille ?
- Mon infection sera-t-elle signalée aux autorités de santé publique, et qu'est-ce que cela signifie pour moi ?
- Quels symptômes, tels que des signes de déshydratation ou la présence de sang dans les selles, doivent m'inciter à consulter un médecin en urgence ?
- Qui dois-je contacter si mon état ne s'améliore pas ?
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